土壤理化性状恶化，有机菌肥无法发挥效果。菌肥中的菌赖以生计的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥使土壤板结透气性差。使得一些厌气菌很多繁衍，安庆果树，如镰刀菌、整齐小核菌导致的苹果、桃等果树圆斑根腐病、白绢病（茎基腐病）。更严峻的是有机肥极度缺少，果树苗，破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水才能。果农施产品有机菌肥通常都在1.5—4公斤/株，有机质很快被分化使用，有机肥中的菌种失掉赖以生计的条件不能繁衍生计，大多数逝世。这就是果农在施用产品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有效果而地薄无效果的道理。
苗木有机营养根的生长以及实现其功能的好差取决于苗木地上部所供应的营养物质的多少。当土壤条件优良时，根的生长总量因苗木向下输送有机营养的多少而定。叶片不正常或开花结果过多时，葡萄果树，苗木合成的营养物质不能满足根的生长需求，那么根的生长便会受到限制，这种情况即使加强施肥，短时间也不会改善根系的生长状况。需采取保叶、改善叶的机能或进行疏花、疏果的方式来促进营养物质生产、减少消耗，从而促进根系的生长。
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