施有机肥的方法主要有基肥、追肥、种植绿肥3种。
基肥包括草炭、厩肥、堆肥等，基肥必须腐熟，果树苗木，应在整地前将肥料撒均匀，然后结合整地翻耙到土壤中，育苗前应施足基肥，根据苗圃土壤情况和培育苗木的类别不同，确定施肥量，一般为每公顷66.6千克—133.3千克。
追施有机肥主要以腐熟的粪肥和尿为主，安徽果树，追肥应分散施用，可采用条状挖沟施肥，也可与中耕结合进行；育大苗可采用在苗根周围挖穴或圆形、辐射状挖沟施用，果树基地，追施有机肥后应及时浇水。
土壤是育苗生产的物质基础，是苗木所需水分和养分的来源，而土壤肥力则是苗圃功能持续发挥作用最关键的因素。在育苗生产中，果树苗，随着育苗年限的增加，苗圃土壤肥力下降的现象十分普遍。特别是近些年由于国有苗圃经济危困，群众育苗受短期行为影响及缺乏科学指导，致使苗圃土壤肥力逐年衰退，育苗质量和产量不断下降的问题表现得十分突出。
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