土壤微生物修复技术的问题与局限性
首先，与其他方法相比，这一技术治理污染土壤的时间相对较长。由于微生物遗传稳定性差、易发生变异，一般不能将污染物全部去除，很多情况下去除率也不如其他方法。
其次，特定的微生物只能降解特定化学物质，土壤修复治理，一旦化合物状态有所改变，就可能不会被同一微生物酶所降解，而在实际应用过程中土壤中的污染物形态种类各异且可能并不稳定。
最后，微生物对重金属的吸附和累积容量有限，微生物土壤修复，而且须与土著菌株竞争，受环境影响显著。而微生物体内吸收的污染物可能会因为其新陈代谢或死亡等原因又释放到环境中。
在未来，土壤微生物修复技术还需要加强以下几个方面：
(1)在挖掘现有高效微生物资源的基础上，继续筛选和驯化新的降解菌株，开展典型污染物微生物降解的基因组研究，以揭示其微生物遗传多样性与功能基因，在全面掌握污染物降解菌生理生化、遗传学特性基础上，六安土壤修复，重组构建污染物降解关键酶和功能优化的基因工程菌等。
(2)由于土壤复合污染的普遍性、复杂性和特殊性，往往需要多途径、多方式的修复手段，发展微生物修复与其他现场修复工程的嫁接和移植技术，以达彻底修复之目的，在重金属和有机污染土壤的修复中显示出很好的应用前景。
(3)实验室的微生物修复研究因修复条件较为理想化，被干扰因素极少，其修复可能很好，而放大到现场条件下，土壤修复污染，干扰因素复杂。因此，微生物修复技术的工程化应用必须融合环境工程、水利学、环境化学及土壤学等多学科知识，构建出一套因地因时的污染土壤田间修复工程技术，并设计出针对性强、高效快捷、成本低廉的微生物修复设备，以实现微生物修复技术的工程化应用。
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