土壤微生物修复技术的问题与局限性
首先，巢湖土壤修复，与其他方法相比，这一技术治理污染土壤的时间相对较长。由于微生物遗传稳定性差、易发生变异，一般不能将污染物全部去除，很多情况下去除率也不如其他方法。
其次，特定的微生物只能降解特定化学物质，一旦化合物状态有所改变，就可能不会被同一微生物酶所降解，而在实际应用过程中土壤中的污染物形态种类各异且可能并不稳定。
最后，土壤修复材料批发，微生物对重金属的吸附和累积容量有限，而且须与土著菌株竞争，受环境影响显著。而微生物体内吸收的污染物可能会因为其新陈代谢或死亡等原因又释放到环境中。
土壤的修复涉及多个环节，场地调查数据、制定方案、风险管控、技术能力以及综合治理环环相扣。在既往的土壤修复过程中，有部分项目操作不过关、监管不严格，导致了治标不治本，如只关注土壤修复，但对于综合生态的地下水污染却缺少关注，土壤修复价格，只针对受污染场地的处理，土壤修复材料，但对于周边环境的影响和同步保护却乏善可陈。
污染场地土壤修复可能产生的二次污染包括修复过程中产生的废水、尾气、废渣、新生化学品、废热和噪音等。在修复施工过程中，不仅需要抑制施工中产生的扬尘、挥发性物质的散发，对于修复过程中产生的废水、废渣等废物也要进行妥善处理。挖掘出的污染土壤和抽取的地下水均需按照国家、场地等环保法律法规要求进行相应处理，甚而需要细致到污染物运输车辆车身、车轮清理，这样关注到每一个细节，才能程度的规避二次污染的危害。
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