土壤微生物修复技术的问题与局限性
首先，与其他方法相比，土壤修复价格，这一技术治理污染土壤的时间相对较长。由于微生物遗传稳定性差、易发生变异，一般不能将污染物全部去除，很多情况下去除率也不如其他方法。
其次，特定的微生物只能降解特定化学物质，重金属土壤修复，一旦化合物状态有所改变，土壤修复材料，就可能不会被同一微生物酶所降解，而在实际应用过程中土壤中的污染物形态种类各异且可能并不稳定。
最后，微生物对重金属的吸附和累积容量有限，而且须与土著菌株竞争，受环境影响显著。而微生物体内吸收的污染物可能会因为其新陈代谢或死亡等原因又释放到环境中。
首先要说明的是，土壤污染严重，但同时市场需求也十分巨大。在《全国土壤污染状况调查公报》中这样显示：“全国土壤环境状况总体不容乐观，部分地区土壤污染较重，耕地土壤环境质量堪忧，工矿业废弃地土壤环境问题突出。”全国土壤总超标率16.1%，工业污染场地大约30~50万块，污染耕地面积超20亿亩，相对的市场空间也十分巨大，土壤修复市场规模预期近10万亿元。
但相对巨大的市场空间，相关领域的企业数量却是凤毛麟角。据环保部、发改委和国家统计局即将完成的全国第四次环保产业调查结果来看，在我国环境服务业中，铜陵土壤修复，涉及土壤治理的生态修复企业仅仅占3.7%。而且部分企业以及业主对于土壤修复的认知不足，加之技术处理能力较低，使得部分土壤修复反而造成了二次污染。
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