在未来，土壤微生物修复技术还需要加强以下几个方面：
(1)在挖掘现有高效微生物资源的基础上，继续筛选和驯化新的降解菌株，开展典型污染物微生物降解的基因组研究，以揭示其微生物遗传多样性与功能基因，在全面掌握污染物降解菌生理生化、遗传学特性基础上，重组构建污染物降解关键酶和功能优化的基因工程菌等。
(2)由于土壤复合污染的普遍性、复杂性和特殊性，往往需要多途径、多方式的修复手段，发展微生物修复与其他现场修复工程的嫁接和移植技术，土壤修复技术，以达彻底修复之目的，在重金属和有机污染土壤的修复中显示出很好的应用前景。
(3)实验室的微生物修复研究因修复条件较为理想化，被干扰因素极少，其修复可能很好，马鞍山土壤修复，而放大到现场条件下，干扰因素复杂。因此，微生物修复技术的工程化应用必须融合环境工程、水利学、环境化学及土壤学等多学科知识，构建出一套因地因时的污染土壤田间修复工程技术，并设计出针对性强、高效快捷、成本低廉的微生物修复设备，以实现微生物修复技术的工程化应用。
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