在我国，近年来土壤退化面积之广、强度之大、类型之多，重金属污染土壤修复，令人忧虑。以土壤污染为例，根据2014年发布的《全国土壤污染状况调查公报》，全国土壤总的点位超标率为16.1%。这样的土壤不仅不能过滤净化地下水，反而可能成为地下水的污染源。据调查，华北平原和东北平原的地下水污染日益加剧，有机污染物和氨氮、盐氮(简称“三氮”)都不同程度超标。而华北平原和东北平原是我国主要的粮食产区，地下水污染加剧，显然与农业化学氮肥的大面积施用有关。
土壤退化是一个综合体系，各种退化形式之间相互联系、相互影响。例如，土壤酸化会带来一系列后果，其中最值得注意的是土壤重金属元素污染的加剧，在土壤pH值低于5时，重金属元素会随着pH值的降低而急剧活化。此外，土壤酸化还会引起土壤肥力减退、土壤板结等问题。据不完全统计，全国pH<5.5的酸性耕地面积从30年前的7%上升到目前的18%，南方14省区pH<5.5的酸性耕地面积由20%扩大到40%，江西土壤修复，pH<4.5的耕地由1%扩大到4%。
土壤退化正深刻地影响着我国经济社会发展的方方面面，土壤修复和改良已刻不容缓。
土壤微生物修复技术的问题与局限性
首先，与其他方法相比，这一技术治理污染土壤的时间相对较长。由于微生物遗传稳定性差、易发生变异，一般不能将污染物全部去除，很多情况下去除率也不如其他方法。
其次，特定的微生物只能降解特定化学物质，一旦化合物状态有所改变，土壤修复材料，就可能不会被同一微生物酶所降解，而在实际应用过程中土壤中的污染物形态种类各异且可能并不稳定。
最后，微生物对重金属的吸附和累积容量有限，而且须与土著菌株竞争，受环境影响显著。而微生物体内吸收的污染物可能会因为其新陈代谢或死亡等原因又释放到环境中。
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